El Consejo General del Instituto es el máximo órgano de gobierno del IDAIP y está formado por una comisionada presidente y dos comisionados propietarios.
El Pleno toma las decisiones en sesiones públicas, con el voto de más de la mitad de sus integrantes, la cual debe realizarse cuando menos una vez al mes (por lo general son el primer miércoles de cada mes), y para que ésta sea válida deben estar presentes más de la mitad de sus integrantes, incluyendo al Presidente.
Entre las principales atribuciones del Pleno del IDAIP se encuentra aprobar las resoluciones de los recursos de revisión, los recursos de transparencia y recursos de protección de datos personales; así como, la imposición de las sanciones correspondientes a quienes incumplen con la Ley de Transparencia.